首要问题是，传统的组织和管理模式滞后，许多企业缺乏创新精神，开放思维不足，信息化建设落后，这直接制约了创新管理的有效推进。其次，我国创新环境存在深层次问题：科技管理体系与市场经济体制不匹配，科技创新主体定位不准确，教育体系与创新文化传统有所冲突，以及知识和技术的协同创新不足。
目前，我国很多企业在技术创新的组织和管理中存在的主要问题是：（1）技术创新的组织和管理模式陈旧。（2）开放意识、管理创新意识薄弱，企业信息化程度不够。（3）管理者没有赋予创新行动者必要的自主权，且缺乏竞争机制与技术创新体系。
我国创新环境存在科技管理体制与市场经济不相容、科技创新主体错位、教育体制和文化传统抑制创新、知识和技术协同创新不够等问题。我国创新能力较之以往有大幅提高，但总体创新能力不足，许多领域缺乏具有自主知识产权的核心技术，还不能满足经济增长和产业结构调整升级的需要，这与我国的创新环境不完善有关。
国有企业技术创新存在的问题 企业技术创新主体地位尚不明确，企业技术创新机制尚未形成 就政企分开而言，随着企业改革的深入，政企关系确实发生了重大变化，总体上看，企业的经营自主权已基本上得到落实，企业经营者决策权过小的问题已基本解决。
国有企业技术创新存在的问题 1．企业技术创新主体地位尚不明确，企业技术创新机制尚未形成 我国国有企业技术创新的主体地位尚未明确，技术创新机制尚未形成。随着企业改革的深入，政企关系发生了重大变化，企业的经营自主权已基本得到落实。
创新意识不强：一些国有企业仍然沿用传统的经营和管理模式，对于新技术、新产品的研发和推广不够重视，缺乏创新意识。 研发投入不足：虽然一些国有企业已经开始重视科技创新，但由于受到资金、政策等方面的限制，研发投入的力度仍然不够，无法满足科技创新的需求。
二是企业自主创新能力薄弱，缺乏拥有自主知识产权的技术和产品。 造成这种局面，很大程度上是因为企业技术投入少，没有成为创新主体。
目前，我国很多企业在技术创新的组织和管理中存在的主要问题是：（1）技术创新的组织和管理模式陈旧。（2）开放意识、管理创新意识薄弱，企业信息化程度不够。（3）管理者没有赋予创新行动者必要的自主权，且缺乏竞争机制与技术创新体系。
1、国家应主导基础研究，建设一流的科研院所、大学和公共技术服务平台，加大投入，在基础应用研究及关键核心技术上取得实质性突破。 地方政府应做好金融支持、人才支持等工作，避免不当干预，同时高科技企业可借鉴先进经验，构建现代管理制度，激发创新活力。
2、首先，原创性、集成创新能力不足是一个突出问题。尽管中国在某些领域取得了重大突破，但整体上仍缺乏引领世界科技潮流的原创性成果。其次，科技创新体系尚不完善，创新资源配置不够合理，创新效率有待提高。此外，高端科技人才的缺乏也是一个制约因素。
3、我国在科技发展方面存在的不足有：科技进步主体错位 在我国传统科技体制下，政府是科技进步的唯一主体，企业作为政府行政机关的附属物，仅仅是科技成果的被动受体。这种政府主导型科技进步机制的最大缺陷是，企业技术创新的动力和能力严重不足，科技进步缺乏充满活力的微观主体。
综上所述，我国科技创新的短板主要包括原创性不足、关键核心技术把控不强、科研体系与市场需求脱节，以及高端创新人才的相对缺乏。这些问题需要政府、企业、学术界和社会各界共同努力，加强原创性研发、关键核心技术攻关、科研与市场的结合以及高端创新人才的培养和引进，以推动我国科技创新的全面发展。
我国科技创新的第一个短板是原创性不足。尽管科研投入不断增加，科研产出数量位居世界前列，但在重大科学发现和颠覆性技术创新方面，与国际先进水平相比还有较大差距。特别是在基础研究领域，我国科学家获得世界级奖项的数量相对较少，这反映出我国在原创性科研成果方面的不足。
我国科技创新的短板主要体现在原创性不足、关键核心技术把控不强、科研体系与市场需求存在脱节，以及高端创新人才的相对缺乏等方面。首先，原创性不足是我国科技创新面临的一个重要问题。
中国科技发展的短板主要体现在原创性和基础科学研究、高端制造技术与关键零部件、科技人才结构性不足以及科技创新生态体系的不完善等方面。首先，原创性和基础科学研究的相对薄弱是中国科技发展中的一个显著短板。
底层基础技术、基础工艺能力不足。在工业母机、高端芯片、基础软硬件、开发平台、基本算法、基础元器件、基础材料等方面瓶颈仍然突出。当外部环境变化时，我国很多领域都存在的被“卡脖子”的风险就会凸显。